سید علی حسینی خامنه معروف به سید علی خامنه‌ای (زادهٔ ۲۴ تیر ۱۳۱۸، مشهد) رهبر کنونی و دومین ولی فقیه در جمهوری اسلامی ایران است. او از مراجع تقلید شیعیان به شمار می‌رود. وی سومین رئیس‌جمهور ایران از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸ در دو دورهٔ پیاپی بود. او طبق قانون رئیس حکومت، فرمانده کل نیروهای مسلح، و برترین مقام کشور محسوب می‌شود.
خامنه‌ای تا ۱۹ سالگی تحصیلاتی در حوزه علمیه مشهد و حوزه علمیه نجف فرا گرفت و سپس برای تحصیلات عالی به حوزه علمیه قم رفت. وی در این حوزه با روح‌الله خمینی که از استادان آنجا بود و بعدها بنیان‌گذار حکومت جمهوری اسلامی ایران شد آشنا شد و بر سر درس‌های او نشست. در جوانی با جنبش‌های مخالف حکومت پادشاهی پهلوی همراه شد و نخستین بار پس از حادثه ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ دستگیر و به زندان انداخته شد. او چندین بار دیگر نیز در طی دوران حکومت شاهنشاهی توسط ساواک دستگیر شد و این دستگیری‌ها به آشنایی او با چندین انقلابی معروف از جمله آیت‌الله حسینعلی منتظری انجامید. با اوج‌گیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۵۷ و آزادسازی تعدادی از زندانیان سیاسی از سوی حکومت به منظور بازتر کردن فضای سیاسی، خامنه‌ای پس از واپسین دوره تبعید خود به زادگاهش مشهد بازگشت.
به دنبال پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن ۱۳۵۷، خامنه‌ای عضوی از شورای انقلاب شد و در سال ۱۳۵۹ به نمایندگی مردم تهران در نخستین مجلس شورای اسلامی رسید. یک سال بعد او توانست از یک سوءقصد که توسط هواداران گروه فرقان طراحی شده بود جان سالم به در برد. از آن پس، خامنه‌ای سمت ۲ دور پیاپی ریاست جمهوری ایران را میان سال‌های ۱۳۶۸–۱۳۶۰ بر دوش داشت. وی پس از درگذشت آیت‌الله خمینی در سال ۱۳۶۸ به عنوان دومین ولی فقیه به رهبری ایران رسید و از آن هنگام تاکنون بر این مسند است. او امام جمعهٔ تهران و رئیس بنیاد دائرةالمعارف اسلامی (منتشر کنندهٔ دانشنامه جهان اسلام) نیز می‌باشد.۳
پس از درگذشت آیت‌الله خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.
طبق بررسی‌های مجلهٔ آمریکایی فوربس، او ۲۶اُمین انسان قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و ۲۱اُمین در سال ۲۰۱۲ میلادی۴۶ بوده‌است.۴۷
برگزیدگی به رهبری
نوشتار اصلی: برگزیدگی سید علی خامنه‌ای به مقام رهبری
پیش از درگذشت آیت‌الله خمینی، آیت‌الله حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در سال پایانی رهبری او و همزمان با درگیری وی با نظام، او را از این سمت برکنار کردند. البته مسئلهٔ جانشینی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود.
در ابتدا، شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. سپس آیت‌الله گلپایگانی در مجلس خبرگان به اجماع گذاشته شد و رای نیاورد.
سرانجام وی در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ با کسب بیش از ۷۲ درصد،۴۸ به این مقام رسید.
در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.نیازمند منبع
در زمان انتخاب وی به رهبری، در قانون اساسی پیش‌بینی شده‌بود، که رهبر باید مرجع باشد.نیازمند منبع
مخالفت‌ها
نوشتار(های) وابسته: همه‌پرسی قانون اساسی ایران (۱۳۶۸)
انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت. بر اساس اصل صدونهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت.
هاشمی رفسنجانی به نقل از آیت‌الله خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.
آیت الله خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند۴۹۵۰
در سال ۱۳۷۶، آیت‌الله حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن این انتخاب را مطرح کرد.۵۱ وی دربارهٔ مرجعیت خامنه‌ای گفت اینکه آمدند در شب بعد از فوت آیت‌الله اراکی، عده‌ای بچه راه انداختند در خیابان جلوی جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند؛ بعد هم سه چهارنفر از تهران آمدند و اصلاً (کسانی که ایشان را می‌گفتند) هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. بنابر این مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچه گانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! اینها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.۵۲
احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد.۵۳۵۴
در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای با وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است
در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.۵۶
در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود.۵۷ این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.
تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیر شده و به زندان افتاده‌اند.۵۸۵۹۶۰ مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.۶۱
موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد.۶۲ مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ آیت‌الله خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند،۶۳ در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.
سید علی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ برای یک سفر ۹ روزه به شهر قم رفت.۶۶
وی در یکی از سخنرانی‌هایش گفت که تحریم‌های آمریکا و شورای امنیت اثر چندانی در زندگی مردم نخواهد داشت. وی دربارهٔ حوادث سال ۸۸ نیز گفت:
دشمنان، قصد داشتند با فتنه‌انگیزی، این حضور پرشور را تحت‌الشعاع قرار دهند، اما موفّق نشدند و فتنه پارسال، کشور را در برابر میکروب‌های سیاسی واکسینه کرد.»۶۷۶۸۶۹
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸
نوشتار اصلی: انتخابات ریاست‌جمهوری ایران (۱۳۸۸)
در انتخابات سال ۱۳۸۸، محمود احمدی‌نژاد با میرحسین موسوی و دو تن دیگر رقابت می‌کرد. در این انتخابات احمدی‌نژاد با ۶۳٪ رای در برابر ۳۴٪ رای موسوی به پیروزی رسید. انتخابات اعتراضات شدیدی را از سوی هواداران موسوی و کروبی در پی داشت و معترضان نظام را به تقلب گسترده در انتخابات متهم کردند. البته آیت‌الله خامنه‌ای، از نتیجهٔ اعلام شده حمایت و ساعاتی پس از اعلام نتایج به رئیس‌جمهور منتخب تبریک گفت.۷۰ وی در انتخابات‌های گذشته نیز، فردای روز انتخابات پیام تبریکی برای رئیس جمهور ارسال کرده‌است.۷۱۷۲۷۳
موسوی پیش از اعلام نتیجه خود را پیروز انتخابات اعلام کرده‌بود. حامیان موسوی، صحت نتایج را به چالش کشیده و راهپیمایی‌های مردمی عظیمی را در تهران و چند شهر دیگر برگزار کردند.
علی خامنه‌ای خواستار شد که طبق روند قانونی شورای نگهبان موارد تقلب ادعایی بررسی شود. به‌رغم درخواست معترضان او با خروج از روند قانونی مخالفت کرد. (البته چند مورد را اجازه داد، مانند تمدید مهلت). شورای نگهبان تصمیم بازشماری رای‌ها را گرفت و بازشماری انجام شد، ولی مخالفان خودِ شورای نگهبان را از عاملان تقلب در انتخابات دانسته و بررسی انجام شده توسط آن را مقبول نمی‌دانستند.نیازمند منبع
پس از حدود یک هفته اعتراض، خامنه‌ای اولین واکنش علنی خود را به ناآرامی‌ها نشان داد. او با بعید خواندن احتمال تقلب ۱۱ میلیونی به مخالفان در مورد ادامهٔ اعتراضات خیابانی هشدار داد. وی در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد در خطبه‌های پیش از نماز به صراحت اعلام کرد که از رئیس جمهور منتخب حمایت می‌کند، تمام توانش را برای ممانعت از تغییر خارج از روند قانون نتیجهٔ انتخابات به کار خواهد گرفت، و هشدار داد که «اگر چند نخبهٔ سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، یا برای اصلاح ابرو چشم را کور کنند، چه بخواهند و چه نخواهند مسئول خون‌ها و خشونت‌ها و هرج‌ومرج‌ها، آن‌هایند». وی ضمن تعریف از هاشمی در عبارتی اثرگذار و بسیارمهم گفت: «من البته در موارد متعددی با آقای هاشمی اختلاف‌نظر داریم، که طبیعی هم هست؛ ولی مردم نباید دچار توهم بشوند، چیز دیگری فکر کنند. البته بین ایشان و بین آقای رئیس جمهور از همان انتخاب سال ۸۴ تا امروز اختلاف‌نظر بود، الان هم هست؛ هم در زمینهٔ مسائل خارجی اختلاف‌نظر دارند، هم در زمینهٔ نحوهٔ اجرای عدالت اجتماعی اختلاف‌نظر دارند، هم در برخی مسائل فرهنگی اختلاف‌نظر دارند؛ و نظر آقای رئیس جمهور به نظر بنده نزدیکتر است.» این جمله وی بارتاب‌های کوتاه‌مدت و بلندمدت فراوانی در پی داشت و دارد.۷۴
سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای این سخنرانی را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد. اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.۷۵۷۶
دیری نپایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.۷۷
او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:
شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آنها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟!۷۸۷۹
در پی حوادث سال ۸۸ او را در سال ۲۰۰۹ دانشگاه اسلو دیکتاتور سال شناخت.۸۰
در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان اصولگرای مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آنها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.۸۱
حادثهٔ کهریزک
پس از انتخابات، چند تن از دستگیر شدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.۸۲
حمله به کوی دانشگاه
در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.۸۳ وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.۸۴
پس از درگذشت آیت‌الله خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.
طبق بررسی‌های مجلهٔ آمریکایی فوربس، او ۲۶اُمین انسان قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و ۲۱اُمین در سال ۲۰۱۲ میلادی۴۶ بوده‌است.۴۷
برگزیدگی به رهبری
نوشتار اصلی: برگزیدگی سید علی خامنه‌ای به مقام رهبری
پیش از درگذشت آیت‌الله خمینی، آیت‌الله حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در سال پایانی رهبری او و همزمان با درگیری وی با نظام، او را از این سمت برکنار کردند. البته مسئلهٔ جانشینی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود.
در ابتدا، شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. سپس آیت‌الله گلپایگانی در مجلس خبرگان به اجماع گذاشته شد و رای نیاورد.
سرانجام وی در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ با کسب بیش از ۷۲ درصد،۴۸ به این مقام رسید.
در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.نیازمند منبع
در زمان انتخاب وی به رهبری، در قانون اساسی پیش‌بینی شده‌بود، که رهبر باید مرجع باشد.نیازمند منبع
مخالفت‌ها
نوشتار(های) وابسته: همه‌پرسی قانون اساسی ایران (۱۳۶۸)
انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت. بر اساس اصل صدونهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت.
هاشمی رفسنجانی به نقل از آیت‌الله خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.
آیت الله خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند۴۹۵۰
در سال ۱۳۷۶، آیت‌الله حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن این انتخاب را مطرح کرد.۵۱ وی دربارهٔ مرجعیت خامنه‌ای گفت اینکه آمدند در شب بعد از فوت آیت‌الله اراکی، عده‌ای بچه راه انداختند در خیابان جلوی جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند؛ بعد هم سه چهارنفر از تهران آمدند و اصلاً (کسانی که ایشان را می‌گفتند) هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. بنابر این مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچه گانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! اینها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.۵۲
احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد.۵۳۵۴
در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای با وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است
در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.۵۶
در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود.۵۷ این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.
تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیر شده و به زندان افتاده‌اند.۵۸۵۹۶۰ مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.۶۱
موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد.۶۲ مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ آیت‌الله خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند،۶۳ در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.
سید علی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ برای یک سفر ۹ روزه به شهر قم رفت.۶۶
وی در یکی از سخنرانی‌هایش گفت که تحریم‌های آمریکا و شورای امنیت اثر چندانی در زندگی مردم نخواهد داشت. وی دربارهٔ حوادث سال ۸۸ نیز گفت:
دشمنان، قصد داشتند با فتنه‌انگیزی، این حضور پرشور را تحت‌الشعاع قرار دهند، اما موفّق نشدند و فتنه پارسال، کشور را در برابر میکروب‌های سیاسی واکسینه کرد.»۶۷۶۸۶۹
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸
نوشتار اصلی: انتخابات ریاست‌جمهوری ایران (۱۳۸۸)
در انتخابات سال ۱۳۸۸، محمود احمدی‌نژاد با میرحسین موسوی و دو تن دیگر رقابت می‌کرد. در این انتخابات احمدی‌نژاد با ۶۳٪ رای در برابر ۳۴٪ رای موسوی به پیروزی رسید. انتخابات اعتراضات شدیدی را از سوی هواداران موسوی و کروبی در پی داشت و معترضان نظام را به تقلب گسترده در انتخابات متهم کردند. البته آیت‌الله خامنه‌ای، از نتیجهٔ اعلام شده حمایت و ساعاتی پس از اعلام نتایج به رئیس‌جمهور منتخب تبریک گفت.۷۰ وی در انتخابات‌های گذشته نیز، فردای روز انتخابات پیام تبریکی برای رئیس جمهور ارسال کرده‌است.۷۱۷۲۷۳
موسوی پیش از اعلام نتیجه خود را پیروز انتخابات اعلام کرده‌بود. حامیان موسوی، صحت نتایج را به چالش کشیده و راهپیمایی‌های مردمی عظیمی را در تهران و چند شهر دیگر برگزار کردند.
علی خامنه‌ای خواستار شد که طبق روند قانونی شورای نگهبان موارد تقلب ادعایی بررسی شود. به‌رغم درخواست معترضان او با خروج از روند قانونی مخالفت کرد. (البته چند مورد را اجازه داد، مانند تمدید مهلت). شورای نگهبان تصمیم بازشماری رای‌ها را گرفت و بازشماری انجام شد، ولی مخالفان خودِ شورای نگهبان را از عاملان تقلب در انتخابات دانسته و بررسی انجام شده توسط آن را مقبول نمی‌دانستند.نیازمند منبع
پس از حدود یک هفته اعتراض، خامنه‌ای اولین واکنش علنی خود را به ناآرامی‌ها نشان داد. او با بعید خواندن احتمال تقلب ۱۱ میلیونی به مخالفان در مورد ادامهٔ اعتراضات خیابانی هشدار داد. وی در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد در خطبه‌های پیش از نماز به صراحت اعلام کرد که از رئیس جمهور منتخب حمایت می‌کند، تمام توانش را برای ممانعت از تغییر خارج از روند قانون نتیجهٔ انتخابات به کار خواهد گرفت، و هشدار داد که «اگر چند نخبهٔ سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، یا برای اصلاح ابرو چشم را کور کنند، چه بخواهند و چه نخواهند مسئول خون‌ها و خشونت‌ها و هرج‌ومرج‌ها، آن‌هایند». وی ضمن تعریف از هاشمی در عبارتی اثرگذار و بسیارمهم گفت: «من البته در موارد متعددی با آقای هاشمی اختلاف‌نظر داریم، که طبیعی هم هست؛ ولی مردم نباید دچار توهم بشوند، چیز دیگری فکر کنند. البته بین ایشان و بین آقای رئیس جمهور از همان انتخاب سال ۸۴ تا امروز اختلاف‌نظر بود، الان هم هست؛ هم در زمینهٔ مسائل خارجی اختلاف‌نظر دارند، هم در زمینهٔ نحوهٔ اجرای عدالت اجتماعی اختلاف‌نظر دارند، هم در برخی مسائل فرهنگی اختلاف‌نظر دارند؛ و نظر آقای رئیس جمهور به نظر بنده نزدیکتر است.» این جمله وی بارتاب‌های کوتاه‌مدت و بلندمدت فراوانی در پی داشت و دارد.۷۴
سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای این سخنرانی را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد. اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.۷۵۷۶
دیری نپایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.۷۷
او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:
شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آنها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟!۷۸۷۹
در پی حوادث سال ۸۸ او را در سال ۲۰۰۹ دانشگاه اسلو دیکتاتور سال شناخت.۸۰
در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان اصولگرای مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آنها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.۸۱
حادثهٔ کهریزک
پس از انتخابات، چند تن از دستگیر شدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.۸۲
حمله به کوی دانشگاه
در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.۸۳ وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.۸۴